IRIS 2 นักฆ่าล่าจารชน เรื่องราวเกิดขึ้น 3 ปีหลังจากการเสียชีวิตของเจ้าหน้าที่ NIS (National Intelligence Service) คิมฮยอนจุน ( ลีบยองฮุน ) โดยกลุ่มก่อการร้าย IRIS ที่โกดังที่ขายอาวุธอย่างผิดกฎหมาย หัวหน้าทีม NSS (National Security Service) Joon-Han ( Sung Dong-Il ) พบนักสืบ Yoo-Gun ( Jang Hyuk ) และขอให้เขาทำงานร่วมกับเขาในฐานะตัวแทน NSS
ต่อมาตอนนี้ยูกันเป็นหัวหน้าทีมของทีม NSS TF-A Soo-Yeon ( Lee Da-Hae ) ผู้รัก Yoo-Gun มาตั้งแต่เด็ก เริ่มทำงานเป็นตัวแทน NSS เช่นกัน Choi Min ( Oh Yeon-Su ) ได้รับการแต่งตั้งใหม่ให้เป็นรองผู้อำนวยการ NSS จุดประสงค์เดียวของเธอคือโค่น IRIS
อดีตผู้อำนวยการ NSS Baek San ( Kim Young-Chul ) ถูกจำคุกที่เรือนจำ NSS ซึ่งตั้งอยู่บนเกาะห่างไกล เฮลิคอปเตอร์ลำหนึ่งขอลงจอดบนเกาะและระบุว่าตนเป็นตัวแทนของ NSS หลังจากลงจอด พวกเขาก็เปิดฉากยิงใส่เจ้าหน้าที่ NSS พวกเขาเป็นสมาชิกของ IRIS จริงๆ พวกเขานำโดย Ray ( David McInnis ) และพา Baek San ออกจากคุก แต่เมื่อเฮลิคอปเตอร์ออกจากเกาะ แบคซานก็กระโดดลงจากเฮลิคอปเตอร์และลงสู่มหาสมุทร
Yoo-Gun, Soo-Yeon และ Hyun-Woo ( Yoon Doo-Joon ) มาถึงเกาะ ซูยอนถูกเบคซานจับตัวไว้และชี้ปืนมาที่เธอ ยูกุนพยายามไกล่เกลี่ยกับเบคซาน แต่ฮยอนอูยิงจากระยะไกลเข้าหาเบคซาน ซูยอนถูกยิงและถูกนำตัวส่งโรงพยาบาล
แบคซานถูกย้ายไปที่บ้านลับของ NSS ที่นั่นแบคซานถูกยูกุนสอบปากคำ เขาอยากรู้ว่าทำไมเขาถึงยอมมอบตัว และทำไมไอริสถึงพยายามจับตัวเขาไป แต่เบคซานกลับเงียบ แบคซานขอให้อ่านหนังสือพิมพ์เพียง 3 ฉบับทุกวัน ทีม NSS พยายามค้นหารหัสลับที่ซ่อนอยู่ในหนังสือพิมพ์ แต่ก็ไม่พบอะไรเลย
ในเวลานี้ สมาชิก IRIS เข้าใกล้บ้านลับ NSS การต่อสู้ด้วยปืนปะทุขึ้นระหว่างเจ้าหน้าที่ IRIS และ NSS ยูกุนพาเบคซานออกจากบ้านลับแล้ววิ่งไปที่รถกับเบคซาน ไอริสไล่ตามรถไปกับแบคซาน ยูกันสามารถไปยังฐานทัพทหารได้ และพวกเขาปลอดภัยจากไอริสชั่วคราว ยูกันและชเวรองผู้อำนวยการ NSS เริ่มสงสัยว่ามีไฝของ IRIS ในกลุ่ม NSS
ในที่สุดเบคซานก็เปิดเผยต่อเจ้าหน้าที่ NSS ว่า IRIS อาจเปิดการโจมตีในฮังการี ซึ่งการประชุมระดับสูงระหว่างเกาหลีเหนือและเกาหลีใต้กำลังจะเกิดขึ้น เขาไม่แน่ใจว่า IRIS กำหนดเป้าหมายไปที่เกาหลีเหนือหรือเกาหลีใต้
ขณะเดียวกันซูยอนก็หายดีแล้ว แม้ว่ายูกุนจะต่อต้าน แต่ซูยอนก็เดินทางไปฮังการีพร้อมกับทีม NSS ในขณะเดียวกัน Yeon-Hwa ( Lim Soo-Hyang ) จาก IRIS มาถึงฮังการีและวางแผนแผนการของพวกเขา นอกจากนี้ยังมี Joong-Won ( Lee Beom-Soo ) ที่หลบหนีจากเกาหลีเหนือ และไปปรากฏตัวที่ฮังการีตามคำขอของ Yeon-Hwa
